Manuel de POGG

Le menu 'Fichier' vous permet de créer, ouvrir, importer, exporter, imprimer et sauvegarder des graphes d'interactions géniques.

L'item 'Nouveau' permet de créer un nouveau graphe d'interactions géniques.

L'item 'Ouvrir' permet d'ouvrir les fichiers que vous avez enregistrés avec le logiciel, c'est-à-dire ceux qui présentent l'extension '.gda'.

L'item 'Importer un fichier SBML' permet d'importer un fichier xml, suivant la norme de sbml. Si le fichier ne décrit pas correctement un graphe, des erreur peuvent se produire.

L'item 'Importer un fichier Graphe Texte' permet d'importer un fichier provenant du logiciel Prism.

L'item 'Importer un fichier DOT' permet d'importer un fichier dont l'extension est '.dot'.

L'item 'Exporter vers un fichier SBML' permet d'exporter vers un fichier xml, suivant la norme de sbml.

L'item 'Exporter vers un fichier DOT' permet d'exporter vers un fichier dont l'extension est '.dot'.

L'item 'Imprimer' permet d'imprimer le graphe d'interactions géniques.

L'item 'Fermer' permet de fermer le fichier ouvert.

L'item 'Quitter' permet de quitter le logiciel.

Le menu 'Calcul' permet de créer différentes requêtes, d'ouvrir une fenêtre de simulation, de calculer la cohérence de bornes, de calculer le volume des solutions et de dessiner des courbes d'évolution de la concentration de protéines.

Le menu 'Options' permet de spécifier des relations entre les probabilités portées par les transitions, de choisir le fichier où enregistrer les résultats des calculs et de modifier certains paramètres spécifiques au calcul.

Le menu 'Affichage' permet de régler les paramètres d'affichage du graphe d'interactions géniques.

Le menu 'Aide' affiche le nom des développeurs.

Pour ajouter un état, cliquez sur le bouton 'Ajout Etat'. Une fenêtre apparaît alors, dans laquelle sont demandés l'étiquette de l'état et le statut de l'état (initial , final ou normal). Cliquez ensuite sur le bouton 'créer'. Une erreur apparaît si l'étiquette de l'état existe déjà. L'état est placé automatiquement en haut à gauche du plan de dessin. L'ajout d'un état modifie toutes les matrices de coûts éventuellement créées avant la création de l'état; une ligne et une colonne de zéros sont rajoutées dans chaque matrice créée en mode additif; une ligne et une colonne de uns sont rajoutées dans chaque matrice créée en mode multiplicatif. Quand vous cliquez sur un état, les caractéristiques de l'état apparaissent dans le cadre 'Consultation du graphe' et un bouton 'modifier' vous permet de modifier l'étiquette de l'état.

Pour ajouter une transition, cliquez sur le bouton 'Ajout Transition', ensuite cliquez sur un état qui sera considéré comme l'état de départ puis faîtes un cliquer-glisser vers un autre état, considéré comme état d'arrivée, et lâchez le bouton de la souris sur l'état. Attention à bien positionner le pointeur de la souris à l'intérieur du cercle figurant l'état (de départ ou d'arrivée), et non pas sur le cercle. Pour créer une boucle, cliquez sur 'Ajout transition' puis cliquez sur l'état souhaité. Ensuite, une fenêtre apparaît et permet de donner un nom à la transition, ainsi que d'indiquer les probabilités minimum et maximum, ou intervalle, grâce au déplacement de curseurs. Enfin, pour valider, cliquez sur le bouton 'OK'. Quand vous cliquez sur une transition (sur le graphe d'interactions géniques), les caractéristiques de la transition apparaissent dans le cadre 'Consultation du graphe', et un bouton 'modifier' vous permet de modifier les probabilités minimum et maximum de la transition, ou bornes de l'intervalle. Lorsque vous cliquez sur le bouton 'modifier', une fenêtre apparaît, qui comporte la liste des intervalles dans laquelle vous devez sélectionner l'intervalle à modifier (en général, la liste est réduite à un unique intervalle). Tant que vous n'avez pas cliqué sur 'Valider', vous pouvez continuer à modifier les bornes de l'intervalle de votre choix en sélectionnant d'abord cet intervalle à l'aide d'un clic puis en cliquant sur le bouton 'Modifier'.

Pour supprimer un état ou une transition, cliquez d'abord sur le bouton 'supprimer' puis cliquez sur l'état ou la transition à supprimer. Lorsque que vous supprimez un état ou une transition appartenant à un chemin créé à l'aide de 'Ajout chemin', un message vous l'indiquera et vous aurez le choix entre continuer ou annuler. La suppression d'un état entraîne la suppression des transitions entrantes et sortantes de cet état. Pour supprimer une boucle, il faut bien veiller à pointer avec la souris à l'intérieur de l'espace situé entre la boucle et le cercle représentant l'état, et non pas à pointer sur le trait correspondant à la boucle.

En principe, vous ne devriez pas avoir à utiliser cet item. Il est prévu pour le cas éventuel où vous utiliseriez un graphe d'interactions géniques dont les transitions seraient dénuées d'intervalles. Pour ajouter un intervalle, cliquez sur le bouton 'Ajout Intervalle', ensuite cliquez sur une transition à laquelle vous souhaitez ajouter un intervalle de probabilités. Une fenêtre apparaît alors, dans laquelle il vous est demandé de donner un nom à l'intervalle nouvellement créé et d'en donner les probabilités minimum et maximum, ou bornes. Pour valider, cliquez sur le bouton 'valider'. Une erreur apparaîtra si le nom de cette intervalle existe déjà pour cette transition.

Le logiciel permet notamment de réaliser des requêtes sur le graphe d'interations géniques. En quoi consiste une requête ? En imposant aux probabilités des transitions du graphe d'interactions géniques de vérifier certaines contraintes, on cherche à trouver pour chaque transition une valeur de probabilité située dans l'intervalle associé à la transition; les probabilités trouvées pour l'ensemble du graphe constitue alors une solution pour la requête; il peut éventuellement exister de multiples solutions. Une requête peut concerner un chemin. C'est la raison de la présence de l'item 'Ajout chemin', qui permet d'imposer au graphe de vérifier des contraintes ayant trait à un chemin.

Pour ajouter un chemin, cliquez sur le bouton 'Ajout Chemin'. Une fenêtre apparaît alors. Dans cette fenêtre, il vous faut donner le nom du chemin et un intervalle de valeurs minimum et maximum encadrant le nombre de fois qu'on emprunte ce chemin pendant la durée spécifié (cet intervalle ne sera utilisé que dans le cas où la requête CalculCoutAdditif est ultérieurement utilisée). Ensuite, cliquez sur le bouton 'OK' pour valider. Une erreur apparaîtra si le nom du chemin existe déjà ou si le minimum de l'intervalle est supérieur au maximum. Cliquez ensuite sur les transitions pour construire le chemin. Vous devez rentrer les transitions dans l'ordre, sinon une erreur apparaîtra pour vous signaler que l'ajout de cette transition ne construit pas un chemin. La dernière transition du chemin ne doit pas être une boucle sinon une erreur vous le signalera. Pour valider le chemin, cliquez sur le bouton 'Ajout Chemin'. Le chemin apparaît ensuite dans le cadre Chemins. Vous pouvez afficher le chemin ou le supprimer en cliquant soit sur le bouton 'Afficher' soit sur le bouton 'Supprimer'. Une fois le chemin créé, vous pourrez lancer une requête concernant ce chemin de la manière suivante : dans le cadre Chemins, sélectionnez d'abord le chemin souhaité à l'aide d'un clic de souris, puis cochez la case à cocher située à droite des boutons 'Afficher' et 'Supprimer'. Dans le cadre Requetes, cliquez sur le bouton Executer. Une fenêtre s'ouvre alors, dans laquelle vous ne devez cocher que la case CalculCoutAdditif. Attention à veiller à ce que, dans le cadre Couts, aucun cout ne soit coché. En effet, si un ou des coûts étaient cochés dans le cadre Couts, en plus des contraintes liées au chemin souhaité, les contraintes supplémentaires liées à ce ou ces coûts, seraient prises en compte.

L'exécution d'une requête met toujours en oeuvre un coût au moins. Un coût est en fait une matrice de coûts (un coût par transition). Lorsque vous utilisez l'une des huit requêtes du menu Calcul>>Requetes, une telle matrice de coûts est automatiquement créée, de manière transparente pour l'utilisateur. Mais le logiciel vous permet aussi de créer explicitement une ou des matrices de coûts spécifiques.

Pour ajouter un coût, cliquez sur le bouton 'Ajout Cout'. Une fenêtre apparaît alors. Dans cette fenêtre, il vous faut donner le nom du coût, le minimum et le maximum de l'intervalle de probabilités idéal de recherche et une durée. Une erreur apparaîtra si le nom de la matrice de coûts est déjà utilisé ou si le minimum de l'intervalle est supérieur au maximum. Enfin, il vous faut spécifier si le coût est additif ou multiplicatif: cliquez sur le bouton 'additif' ou sur le bouton 'multiplicatif'. Cliquez ensuite sur le bouton 'OK' ou sur le bouton 'Annuler'. Si vous avez choisi 'multiplicatif', une fenêtre apparaît alors, qui permet de décrire le vecteur de probabilités associés aux états. Cliquez sur le bouton 'valider' ou sur le bouton 'Annuler'. Par défaut, en mode additif, le coût associé à chaque transition vaut 0. Par défaut, en mode multiplicatif, le coût associé à chaque transition vaut 1. Vous pouvez souhaiter modifier certains coûts à ce stade de la création. Pour modifier le coût d'une transition, il suffit alors de cliquer sur la transition concernée. Une petite fenêtre apparaît alors, où vous devez saisir la valeur de coût souhaitée. Cliquez ensuite sur le bouton 'Valider'. Répétez l'opération pour les autres transitions dont les coûts sont à modifier. Attention, pour terminer la création, vous devez cliquer sur le bouton 'Ajout Cout'.

Dans le cadre Couts, vous pouvez afficher, modifier ou supprimer un coût. Si vous souhaitez modifier un coût parce que tout ou partie des coûts par défaut ne convient pas, dans le cadre Couts, sélectionnez le cout à modifier et cliquez sur le bouton 'modifier'. Une fenêtre s'ouvre alors, qui propose d'abord de modifier le nom du coût, le minimum et le maximum de l'intervalle de probabilités idéal de recherche ou la durée. Remarquez que vous ne pouvez pas modifier le statut 'additif' ou 'multiplicatif' d'un coût. Pour modifier un ou des coûts de transition, procédez comme suit : en maintenant ouverte la fenêtre (nom, minimum, maximum, durée), cliquez sur une transition dont vous souhaitez modifier le coût. Une petite fenêtre apparaît alors, où vous devez saisir la valeur de coût souhaitée. Cliquez ensuite sur le bouton 'Valider'. Répétez l'opération pour les autres transitions dont les coûts sont à modifier. Attention, pour terminer la modification, vous devez revenir positionner le pointeur de souris sur la fenêtre (nom, minimum, maximum, durée) afin de cliquer sur le bouton 'OK' pour valider la modification.

Remarque : la modification des coûts de transition est opérée différemment selon qu'il s'agit de modification lors de la création ou de modification ultérieure. La modification des coûts de transition lors de la création d'un coût est réalisée après validation des informations saisies dans la fenêtre (nom, minimum, maximum, durée, additif/multiplicatif), donc après que cette fenêtre a été fermée, ensuite création et modification de coûts sont simultanément validées par clic sur le bouton 'Ajout cout' dans le cadre Couts. Lors de la modification ultérieure des coûts de transition, la fenêtre (nom, minimum, maximum, durée) doit au contraire rester ouverte, et la modification des informations de la fenêtre (nom, minimum, maximum, durée) ainsi que la modification des coûts sont simultanément validées par clic sur le bouton 'OK' de la fenêtre (nom, minimum, maximum, durée).

Dans le cadre Couts, vous pouvez aussi afficher ou supprimer le coût.

Pour utiliser ensuite le coût que vous venez de créer, dans le cadre Couts, cochez la case relative à ce coût. Dans ce même cadre, décochez tous les autres coûts qui seraient cochés. Dans le cadre Chemins, décochez tous les chemins éventuellement cochés. Dans le cadre Requetes, cliquez sur le bouton 'Executer'. Dans la fenêtre qui s'ouvre alors, cliquez sur le bouton 'CalculCoutAdditif' ou bien sur le bouton 'CalculCoutMultiplicatif', selon le statut du coût utilisé.

Pour créer une requête, allez dans le menu 'Calcul', puis dans le sous-menu 'Requetes' et choisissez le type de requête souhaité parmi les huit types proposés. Une erreur apparaîtra si vous choisissez un type de requête concernant un état alors qu'il n'y a pas d'état dans le graphe d'interactions géniques. De même, une erreur apparaîtra, si vous choisissez un type de requête concernant un chemin alors que vous n'avez pas créé de chemin. Pour chaque requête, la fenêtre qui apparaît est sensiblement la même. A gauche, vous observez selon le type de requête choisi, soit la liste des états, soit la liste des chemins créés. Au centre, il vous est demandé d'attribuer un nom à la requête, de donner un intervalle de probabilités ou de coûts et une durée au bout de laquelle la solution doit vérifier ces contraintes. Cliquez ensuite sur le bouton 'OK' pour valider, ou sur le bouton 'quitter' pour annuler. Ensuite la requête apparaîtra dans le cadre Requetes. À partir de ce cadre, ultérieurement, vous pourrez lancer la requête créée en cliquant sur le bouton 'exécuter'. Dans ce même cadre, vous pourrez aussi supprimer toute requête créée par vous en cliquant sur le bouton 'supprimer'. Vous ne pourrez pas supprimer les requêtes CalculCoutAdditif et CalculCoutMultiplicatif, qui sont systématiquement créées par le logiciel. Quand vous cliquez sur le bouton 'exécuter', une fenêtre apparaît. Dans cette fenêtre, vous devez choisir la requête à lancer en cochant la case correspondante, et elle seule (Vous ne devez en aucun cas cocher l'une ou l'autre des requêtes CalculCoutAdditif et CalculCoutMultiplicatif). Cliquez ensuite sur le bouton 'lancer' pour effectuer le calcul, ou bien sur le bouton 'annuler' pour annuler le calcul. Si vous cliquez sur 'lancer', l'état du calcul apparaît dans le cadre Calcul en cours, ce qui vous permet de l'arrêter quand vous voulez. Quand le cadre Calcul en cours indique que le calcul est terminé, cliquez sur le bouton 'Voir Resultat' pour afficher la matrice des probabilités respectant les contraintes demandées. Si vous souhaitez combiner plusieurs requêtes, dans le cadre Requetes, il suffit de cocher ces requêtes avant de cliquer sur le bouton 'executer'.

Remarque : Lors de la création d'une requête liée à un chemin, il vous est proposé de choisir le chemin du graphe dans la liste Paths, située à gauche de la fenêtre. Cette liste récapitule les chemins du graphe déjà créés en création de contraintes par 'Ajout chemin'.

Lorsque vous cliquez sur l'item 'Simulation' dans le menu 'Calcul', une fenêtre apparaît. Elle contient une grille représentant la matrice du graphe d'interactions géniques. Chaque case de cette matrice contient un curseur associé à la transition concernée. Sur chaque ligne de la grille, vous pouvez modifier au plus n-1 valeurs, car la dernière valeur est déduite des n-1 autres valeurs. Si, sur une ligne, certaines transitions sont inexistantes, leur probabilité, 0, n'est pas modifiable. Dans ce cas, l'ajustement concerne les probabilités portées par les autres transitions.

A droite de cette matrice, figurent trois cadres Couts, Chemins et Requetes. Parmi les coûts, seuls sont concernés les coûts additifs. Parmi les requêtes, seules sont concernées les requêtes définies par l'utilisateur en menu Calcul>>requetes; ne sont pas concernées les deux requêtes CalculCoutAdditif et CalculCoutMultiplicatif créées automatiquement par le logiciel. Rappelons qu'un coût, un chemin ou une requête correspondent chacun à un ensemble de contraintes sur les probabilités des transitions du graphe d'interactions géniques. Les cadres Couts, Chemins et Requetes contiennent donc des liste d'ensembles de contraintes.

Le bouton 'Ajuste et applique les contraintes' permet d'abord d'affecter des probabilités aux transitions du graphe d'interactions géniques, avec le seul objectif que, ligne par ligne, la somme des probabilités soit égale à 1. Si un tel ensemble de probabilités peut être généré, alors, automatiquement, les contraintes correspondant à celles qui sont cochées sont calculées. Si le cadre de chaque contrainte sélectionnée est vert alors cela signifie que l'ensemble des probabilités constitue une solution approchée.

Notez qu'au départ, pour chaque transition, son curseur est positionné par défaut sur la valeur moyenne de l'intervalle associé (moyenne des bornes minimale et maximale). Déplacez les curseurs souhaités, cochez les ensembles de contraintes souhaitées dans les cadres Couts, Chemins et Requetes. Par défaut la valeur du cout (CoutAdditif et chemin) est la moyenne de l'intervalle idéal de probabilité. Vous pouvez modifier les valeurs des couts et chemins, lorsque vous bougez ces sliders, lorsque vous lachez le slider une recherche locale est lancée pour essayer de trouver une solution dont la nouvelle valeur contrainte est respectée. Si vous bougez un slider des couts après en avoir bougé un autre sans attendre qu'une solution soit trouvée ne vous permettra pas de savoir quelle valeur est solution. Remarque 1 : contrairement à un coût ou à un chemin, il n'est pas possible de fixer de valeur pour une requête.

Lorsque vous cliquez sur le bouton 'Ajuste et applique les contraintes' , le logiciel tente alors d'abord d'ajuster automatiquement les valeurs correspondant aux curseurs non déplacés. Si l'ajustement est impossible, c'est-à-dire si la somme des probabilités ne peut être égale à 1, pour au moins une ligne, alors un message apparaît. Si l'ajustement est réalisable, alors le calcul des diverses contraintes est réalisé. Notez que lors de ce calcul, il est aussi tenu compte des différentes contraintes éventuellement spécifiées sur les probabilités des transitions (menu Options>>Contraintes sur les probabilites). Si le calcul des contraintes fournit des valeurs proches de celles spécifiées pour les coûts, chemins et requêtes sélectionnés, alors les petits cadres à côté de chaque requête seront de couleur verte, sinon ils seront de couleur rouge.

Lorsque vous cliquez sur le bouton 'Calcule une solution', le logiciel tente de trouver une solution, c'est-à-dire un ensemble de probabilités, vérifiant les valeurs des contraintes spécifiées dans les cadres couts, chemins et requetes, et en tenant également compte des différentes contraintes éventuellement spécifiées sur les probabilités des transitions (menu Options>>Contraintes sur les probabilites). Le résultat s'affiche comme pour le bouton 'Ajuste et applique les contraintes'. Ensuite vous pouvez fixés une valeur aux transitions en selectionnant le bouton radio situé en face. Ceci permet ensuite de savoir s'il y a une solution pour ces valeurs fixées si vous lancez 'Calcule une solution'.

Le bouton 'volume des solutions' permet de calculer, non plus une solution, mais un ensemble de solutions. Il permet de visualiser l'ensemble des solutions sous la forme d'un volume de solutions, dans l'espace, lorsqu'on examine cet ensemble en le décrivant à l'aide de trois probabilités (modifiables à volonté). Comme pour l'item 'Calcule solution', avant le calcul, certaines probabilités peuvent être bloquées à l'aide des boutons radio situés à côté des curseurs. Si vous bloquez certaines variables il peut se produire l'erreur indiquant que volume est trop petit pour être triangulé dû au fait qu'il y ait trop de peu de solution.

Lorsque vous cliquez sur l'item 'Coherence de bornes', ceci lance un calcul de cohérence de bornes. Ce calcul consiste à réduire automatiquement, si possible, les intervalles associés aux transitions, en fonction des contraintes utilisées (coûts, chemins, requêtes). Le calcul apparaît dans le cadre calcul en cours. Le calcul fournit une approximation de l'ensemble des solutions.

Lorsque vous cliquez sur l'item 'Volume des solutions', ceci ouvre une fenêtre où vous devez saisir le nombre de sommets du volume englobant à calculer. Ce nombre sera d'autant plus élevé que vous souhaiterez une précision élevée. Une erreur apparaît si le nombre de sommets saisi est inférieur au nombre de variables libres. Par exemple, pour un graphe complet à 3 états, chacune des 3 lignes comporte deux variables libres et le nombre total de variables libres est donc 6. Pour un graphe incomplet à 3 états comportant respectivement 2, 1 et 2 transitions valides sur les lignes 1, 2 et 3, le nombre de variables libres est 2. Cliquez sur le bouton 'lancer' pour lancer le calcul ou bien cliquez sur le bouton 'annuler'. Une fois le calcul lancé, il apparaît dans le cadre Calcul en cours, comme pour les autres calculs. Une fois le calcul fini, cliquez sur le bouton 'Voir Resultat'. Deux fenêtres s'ouvrent alors. L'une fournit le résultat du volume , l'autre vous permet de choisir les 3 variables (c'est-à-dire les 3 probabilités) selon lesquelles vous souhaitez avoir une vision en 3D du volume. Les 3 cases cochées par défaut sont celles des variables dont les écarts entre le minimum et le maximum est le plus important. Cliquez ensuite sur le bouton 'valider'. Le graphique apparaît. Le bouton gauche de la souris vous permet de réaliser des rotations du volume.

Lorsque vous cliquez sur l'item 'Dessiner le(s) courbe(s)', ceci lance un calcul qui permet de dessiner l'évolution de la quantite de protéine produite. Ce calcul se déroule en deux étapes et concerne les coûts multiplicatifs. La première étape consiste à trouver une solution aux contraintes des coûts multiplicatifs sélectionnés. Une fois le calcul fini, cliquez sur le bouton 'Voir Resultat', une fenêtre apparaîtra où vous devez choisir les courbes des coûts que vous voulez dessiner. Ceci permet de voir l'évolution de la concentration d'une protéine en fonction de la contrainte posée par une autre. Une courbe correspond à un coût. Ce calcul utilise gnuplot en appel système. Les fichiers contenant les graphiques sont appelés graph1.png, graph2.png ... Attention : les fichiers contenant les graphiques sont écrasés d'une session de Pogg à l'autre.

Pour enregistrer des résultats, allez dans le menu 'Options' puis cliquez sur 'Sélectionner un fichier CSV'. Une fenêtre s'ouvre alors, qui permet d'indiquer le fichier cible dans lequel enregistrer les résultats. Attention : vous devez avoir créé ce fichier au préalable, le fichier sera automatiquement écrasé par l'enregistrement des résultats. Cochez ensuite la case 'Resultat vers un fichier csv'. Ceci vous permet d'enregistrer toutes les matrices résultats obtenues lors de calculs utilisant les contraintes. Vous ne pouvez pas enregistrer les calculs de volume, de cohérence de bornes ni ceux effectués dans la fenêtre de simulation.

Pour créer une relation entre deux probabilités du type 'p1 = alpha*p2 + beta', allez dans le menu 'Options' puis cliquez sur 'Contrainte sur les probabilites'. Une fenêtre s'ouvre alors, dans laquelle est affichée la liste des relations déjà créées, ainsi qu'un éditeur de relations.

Le bouton 'nouveau' permet de créer une nouvelle relation entre deux probabilités. Sélectionnez les deux probabilités concernées et saisissez les paramètres alpha et beta de la relation. Une erreur apparaît dans le cas où vous tentez d'établir une relation entre une probabilité et elle-même. Une erreur est également signalée si les valeurs des paramètres alpha et beta sont incompatibles avec l'obtention d'une valeur valide de probabilité pour p1, et ce, pour toute valeur de probabilité de p2 comprise entre 0 et 1. Cliquez sur le bouton 'OK' pour valider.

Le bouton 'modifier' permet de modifier les paramètres de la relation en ouvrant la même fenêtre que pour le bouton 'nouveau'. Le bouton 'supprimer' permet de supprimer une relation. Le bouton 'quitter' permet de quitter la fenêtre.

Dans cet item, vous pouvez modifier les paramètres de la recherche locale afin qu'ils soient mieux adaptés à vos exemples. Dans le sous-menu avance du menu 'Options' il y a trois items.

Le premier item vous permet d'ouvrir une fenêtre et de modifier les différents paramètres de la recherche locale. Cliquez ensuite sur valider ou annuler.

Le deuxième item permet de revenir aux paramètres par défaut.

Le troisième item permet de sauvegarder ses paramètres pour les prochains démarrages du logiciel.

Dans ce menu, vous pouvez cocher la case afin que lorsque que vous affichez les résultats du calcul des requêtes, cela s'affiche sur le graphe d'interactions géniques. Vous pouvez réorganiser le graphe, soit en disposant tous les sommets sur un cercle, ou en utilisant l'agorithme de la librairie grappa. Vous pouvez aussi modifier la taille des états en déplaçant un curseur entre 20 et 40, et vous pouvez changer la couleur des états et des transitions. En cliquant 'Choisir la couleur des etats' ou 'Choisir la couleur des transitions', vous obtenez une fenêtre de choix de couleurs.